Da Linux einem ständigen Wandel unterworfen ist, will man meist nicht ewig auf dem Stand der Erstinstallation bleiben, es sollen zusätzliche Programme eingespielt oder gegen neuere Versionen ausgetasucht werden. Vielleicht will man auchein Programm direkt aus dem Quelltext selbst übersetzen.
Grundsätzlich sollte man versuchen, alles über die Paketverwaltung der jeweiligen Distribution zu machen. Dadurch ist sichergestellt, daß alle anderen benötigten Komponenten mitinstalliert werden, bzw, daß bei einer Deinstallation auch alle Dateien entfernt werden oder gewarnt wird, wenn andere Programme das Paket noch benötigen.