Pakete, die nicht zur Distribution gehören, sollten immer unter /usr/local/abgelegt werden, um sie unterscheiden zu können. Ein gute Möglichkeit notwendige Pfade abzufangen und bei einer evtl Deinstallation alles wieder sauber entfernen zu können bietet das Programm stow, das für ganze Verzeichnisbäume eigene Unterverzeichnisse anlegt und mit Symlinks in den normalen Dateibaum einbindet. Damit